El origen de la estructura matricial está ligado a las organizaciones de proyectos. Las mismas poseen un doble flujo de autoridad (vertical desde el punto de vista jerárquico y horizontal desde el punto de vista técnico o de proyecto).

Este tipo de estructura es conformado mediante la formación de equipos con integrantes de varias áreas de la organización para llevar a cabo un proyecto, dejando de existir con la conclusión del mismo. No obstante su origen, este tipo de arreglo estructural comienza a ser cada día más frecuente de manera definitiva en muchas organizaciones, básicamente como producto del reconocimiento de la necesidad de asegurar la satisfacción del cliente o mercado, quien típicamente se ubica en el extremo de la cadena de valor.

Este enfoque tiene las siguientes ventajas principales:

1. Permite reunir a varios expertos en un equipo, lo cual asegura la pluralidad de enfoques en la solución de problemas.

2. Su uso demanda y aporta una mayor flexibilidad de la organización, por lo que es más fácil conseguir la satisfacción del mercado en un ámbito cambiante.

3. Permite asignar los recursos a los proyectos de mayor importancia desde el punto de vista estratégico, rompiendo con el presupuesto por centros de costo o por área. De esta forma el recurso más importante se coloca donde está la oportunidad más redituable.

4. Ayuda a mitigar los conflictos entre los objetivos generados por las distintas áreas funcionales de la organización.

5. Los miembros tienden a motivarse más, pues están más conscientes y cercanos a la satisfacción del usuario final.

6. Sirve para el desarrollo gerencial interno de la empresa, pues demanda que cada gerente actúe poniendo en juego sus habilidades de influencia y no solamente su dominio técnico o la jerarquía del puesto.

7. Contribuye a aumentar la implicación y el compromiso de los integrantes de los equipos. Esto último no ocurre de forma automática pero, con un tratamiento especializado, los integrantes de cada proceso adoptan un compromiso con el logro de un producto completo y no solamente con una parte de este.

8. Evita la rigidez organizacional de los equipos gerenciales y de sus integrantes, pues la movilidad que demanda es muy superior a la requerida por una estructura funcional (vertical).

Algunas desventajas

1. El doble flujo del proceso (la especialidad y el usuario), así como de autoridad, en ocasiones origina conflictos, especialmente si no se dedica atención a la clarificación de los roles, así como de los vínculos de colaboración entre especialidades y usuarios.

2. De manera semejante, el enfoque orientado a proceso y no a función, demanda un replanteamiento sobre las salidas (según la Teoría de Sistemas). De no hacerse esto, es bastante común que la gente tienda a seguir los patrones de actuación (y de comportamiento) que se tenían por válidos en el planteamiento por función (vertical).

3. La estructura funcional (vertical) se sustenta primordialmente en las destrezas técnicas y en el uso de la autoridad; la estructura matricial o enfocada a procesos (y por ende, transversal) apoya su efectividad en la colaboración y en el uso de la influencia. Si se desea realizar una migración hacia un arreglo matricial, se deben desarrollar las habilidades para la colaboración (trabajo en equipo, manejo de conflictos, manejo de la diversidad, etc.), así como las que hacen posible la influencia.

4. Mientras que en las estructuras por función la coordinación entre equipos es extraordinaria o irregular, bajo el arreglo matricial los procesos de comunicación y sincronización de esfuerzos tienen que operar intensivamente y de forma exponencial, dirigiéndose en todas direcciones y entrelazando muchas operaciones simultáneamente, situación para la cual muchas empresas no están preparadas.

5. Aumenta la conflictividad por requerirse de enfoques plurales, su instrumentación rompe con los costos de poder y las visiones de experto, causas frecuentes de conflicto en las organizaciones actuales.